Stefan Neubert erhielt seine erste musikalische Ausbildung am Konservatorium Georg Friedrich Händel und im Stadtsingerchor zu Halle. Von 2000 bis 2006 studierte er an der Hochschule für Musik „Carl Maria von Weber“ in Dresden in den Fächern Klavier, Korrepetition und Improvisation bei Prof. Karl-Heinz Knobloch und Prof. Ute Pruggmayer-Philipp sowie Cembalo und Hammerklavier bei Prof. Ludger Rémy. Während seines Studiums assistierte er Prof. Hans-Christoph Rademann bei der Hochschulproduktion der Händeloper Amadigi di Gaula und war Mitglied im Sächsischen Vocalensemble. Sein erstes Engagement führte ihn 2006 als Solorepetitor mit Dirigierverpflichtung ans Anhaltische Theater Dessau. Dort übernahm er die Leitung von Kinderopern und Schauspielmusiken. Seit 2012 ist er stellvertretender Chordirektor am Badischen Staatstheater. Daneben studiert er an der Hochschule für Musik Karlsruhe Orchesterleitung bei Prof. Andreas Weiss und arbeitete dabei bereits mit der Philharmonie Baden-Baden und der Südwestdeutschen Philharmonie.