Matthias Deckert erhielt von 1977 bis 1986 seine tänzerische Ausbildung an der John Cranko-Schule in Stuttgart. Von 1986 bis 1999 war er Tänzer beim Stuttgarter Ballett, bis ihn William Forsythe an das Ballett Frankfurt engagierte. 2001 begann er sein Studium für Tanzpädagogik an der Akademie des Tanzes der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Mannheim, das er 2003 mit Diplom beendete. Mit Beginn der Spielzeit 2003/04 wurde er als Ballettmeister an das BADISCHE STAATSTHEATER KARLSRUHE verpflichtet. 2005 gab er sein Debüt als Dr. Coppélius in Peter Wrights Produktion von Coppélia.